Glen Spey fut fondée par le détenteur de la licence d'exploitation de Macallan, James Stuart, en transformant un ancien moulin en distillerie en 1884. Dès 1885, le premier distillat sortait des alambics de cette distillerie située au Sud de la ville de Rothes. Cette distillerie qui portait le nom de Millhaugh fut vendue dès 1887 à W&A Gilbey Ltd. Ce marchand de vin londonnien possédait également Strathmill. et acquit Knockando 7 ans plus tard, en 1904. Gilbey réussit à rester indépendant jusqu'en 1962, date à laquelle la société devint International Distillers & Vintners (IDV), suite à une longue collaboration avec United Wine Traders qui fut absorbée par Justerini & Brooks dix ans plus tôt. En 1969-70, de grandes transformations eurent lieu à la distillerie. Le nombre d'alambics fut notamment doublé, et les surfaces de maltage furent transformées en entrepôts. L'ensemble de la production disparaît dans des assemblages et les seules bouteilles de single malt qui se trouvent (rarement) sur le marché sont dues à des embouteilleurs indépendants, ou alors dans des collections spéciales telles que la série Fauna & Flora de UDV.